aLeaves2

作った動画を確認していただいたところまた仕様が変わるらしくpendingらしいです。
緊急で作ってと言われたのに仕様変更を差し挟むとはなかなか気が利いていますね。

アップ出来たら載せられる予定だった文章でも貼っておきます。

aLeaves - first step to build zoologically informative phylogenetic treesは、理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(CDB)が提供する、分子系統解析ツールです。ある1つのアミノ酸配列を用意するだけで、類似タンパク質を生物種ごとに分けられた特定のデータベースからBLAST検索してmultifastaを作成、それをMAFFTというサーバに送ることで、系統樹作成、取捨選択、アラインメントという分子系統解析に必須な一連の作業を簡易に行うことができます。



ついでにArabidopsis eFP Browserの調査をはじめました。シロイヌナズナの遺伝子発現情報について組織ごとに大量にデータが纏められていて、なんかパッと見しょぼい絵に色を付けることで分かりやすくしています。トロント大が作ったようで、以前自分が解説動画を作ったGeneMANIAにリンクが貼られていました。

データの出自がバラバラなので(大量のデータなので当然ですあが)統一性がどうなんだろうと思ったりします。主な使い方としては自分の持っているサンプルとの比較に使うそうですが、未だにどういう研究するんだろうというのが判然としないのでどう解説を作ってよいか分かりません。如何せん調べられるものが多いツールなので全部紹介したら20分位になってしまいそう。省略できるところをどう省略するか考えていくことになりそうです。

GeneStudio3

GeneStudioを使って塩基配列をアセンブルする 統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル

出来ました。今回は慣れている分野だったので早業かも。
動画で使っているデータは自炊したもので貼っていいか分からなかったので貼ってません。ABIのフリーサンプルファイルで断片になっていてアセンブルする価値があるものってなかなか無いと思います。
いまや過去の産物となりつつあるサンガーシークエンスですがプラスミドの挿入部の配列を読むくらいだったらまだ最も手軽に読める部類にはいっていると信じたい。

GeneStudio2

GeneStudio1に追記しましたが、複数のreadsをアセンブルするにはGeneStudioがとても便利だということがわかったので、こちらを用いて解説動画を作ります。

BioEditでも出来ないことはないですが、複数を同時にやることは不可能だし、波形と配列を逆転して表示してくれる機能がないようなので比較動画にはしないつもりです。

既に録画して少し編集しました。

GeneStudio1

GeneStudio.com | Free molecular biology software

DNA配列のサンガーシークエンスによって得られた波形ファイル(ab1)を扱うソフトウェアです。
複数の配列ファイルをマルチプルアラインメントしたり、断片をアセンブルしたりするのが主な用途です。

波形を扱う代表的なソフトにBioEdit Sequence Alignment Editor for Windows 95/98/NT/XPがありますが、これとの比較で調査します。

※前提として2つとも"GUIで"というのが利点

BioEditの方がはるかに機能が多く、またもともとチケット名が「GeneStudioで塩基配列アセンブルする」なのでそれに焦点を当てて調べていきます。

BioEdit
ファイルを開く(複数選択可、ドラッグ&ドロップ不可)
→波形のウインドウと配列のウインドウが出てくる
アセンブルしたい配列をコピーして一つのウインドウにコピーして並べる
→SequenceタブからPairwise→alignmentする
しかし、これはグローバルアラインメントなのでアセンブル(Contig(複数の断片)から長いコンセンサス配列を作る)はあまりできないみたいです。
※追記 ローカルも出来ましたが、複数だと厳しい?

GeneStudio
Contig Editor
→ファイルを開く(複数選択可、ドラッグ&ドロップ可)
アセンブルするか、トリムするかなど聞かれるので言われるがままにする
→できる
→波形のトリムをドラッグで調整できる(波形と配列が同時に表示されていて見やすい)
→不明瞭な部分を聞かれるので直していく(キーボードで消したり挿入したりできる)
→コンセンサス配列をエクスポート

ただ、どちらも波形のデータ(.ab1)を扱っているので、逆転ができないという欠点があります。もし+鎖と-鎖が混在している場合、どちらかをEMBOSS revseqなどに掛ける必要があります。
※追記 BioStudioの方は、既にコンセンサス配列(理想とする配列)がある場合はそれと合わせてアセンブルすることで、勝手に逆転してくれました。(BioEditは無理)

参考
http://d.hatena.ne.jp/extinx0109y/20131113

CiteAb 1

次に動画を作ろうとしたのは

CiteAb | The Antibody Search Engine
というサイトなのですが、似た検索サイトに
抗体検索サイトBioBreaを使い倒す 統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
というものがあります。今回はこのサイトとの比較動画を作成しようと思いました。

しかし

検索方法も似ているし、BioBreaの方があらゆる面で相対的に優れている……!!

ということで列挙してみます。

・BioBreaでは検索結果に抗体の詳細情報が細かく記載されている
・CiteAbでは検索結果に遺伝子シンボルくらいしか書かれていない。詳細情報は抗体の販売会社のサイトへのリンクが貼られているだけ。

↓そのため

・BioBreaではファセット検索が非常にスムーズに行く
・CiteAbでは(特に実験用途やReactivityの情報がnon availableになっているため)同じファセット検索でも求める結果が出てこない(データベース上に抗体のエントリーは存在するのに!)。

ほかにも

・BioBreaでは部分一致検索が基本で、” ”で囲むことにより完全一致検索も可能
・CiteAbでは完全一致検索しかできない

CiteAbの方が優れている点を挙げるとすれば
・抗体販売会社名からの検索が可能(BioBreaにもファセットとして存在するが、会社名を検索できない)
・データベースの週ごとのアップデート状況をTOPに明記している
・blogやtwitterの更新頻度が高い
・投稿の内容が真面目くさってない(プロフィールにもNot always seriousとかいてある CiteAb (@CiteAb) | Twitter
・デザインが良い
・Publicationの情報を提供できる
・他にもいろいろアイディアをfeedbackできる(反映してくれるかどうかは知らない)
……

機能面では会社名検索くらいしか勝ってないのですが、果たして抗体を検索するのに会社名から何を買おうか選ぶ人が居るのでしょうか……


ということで、来月来た時にパワーアップしてることを祈ります。(今月はiGEMの準備のためもう来られません)