GeneMANIAの例を探していたということなんですが、山中ファクターとその周辺の遺伝子についてWikipediaちゃんの助けを借りて調べました。 実はこれらの遺伝子の役割ってあまり解明されていないんですね。ヒストンメチル化阻害剤となる化学物質で代用できるこ…
GeneMANIA GeneMANIAについて使い方はよくわかったのですが、良い例が見つからない（出てきた結果の評価ができない）ということで、幹細胞(特にiPS)に特異的な遺伝子について勉強することになりました。 特定の遺伝子について知識を持っておくと、今後動画を…
アップロードしました。 タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 発展編 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルなんか微妙でした。今度はGeneManiaというものの解説動画を作ってみることにしました。 これはある遺伝子を検索す…
名前を応用編から発展編に変えました。（別に応用しているわけではないので）タンパク質の比較を主に、面白い機能だけピックアップして紹介する形にしました。 ヘモグロビンだけ比較しているからつまらないのであって、「こうすると面白いよ」と書けば大丈夫…
今日は収穫祭のプレゼンの準備をしていました流れはこんなかんじに スライドはこの内容からは想像できない感じになっています・自己紹介 * 名前、大学、Twitterアカウント、牧場の話 収穫祭は初めてなのでやってきたことを時系列順に紹介します・ArrayExpres…
応用編、取り敢えずひと通りできることを動画に収めてみました。 まだ無駄な分をカットしていないのでどのくらいの長さになるかはわかりませんが、おそらくまた１０分弱になるのかも……。応用編といっても、特に面白いことをしているわけではなく、基本編で説…
タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜基本編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル長編だけど基本編、上がりました。 応用編を作ろうと必死に調べていますがなかなか調べきれません（汗 来週に撮影ができたら良い方でし…
動画が出来上がりました。 まだチェックしてもらっていないのでうｐは来週になりそうです。基本編ということは応用編もあるわけで、どのようにやろうか考えています。 基本編にダイジェストを含めてもいいかなと思ったんですがあまりにも機能が多くてダイジ…
動画を撮影し、7/10編集が終わりました。今回はズームとパンを多用しているのですが、不断もこの方が作りやすいです。６回別々に撮ってつなぎあわせたんですが、動画ファイルを一つにまとめるよりもこっちの方が効率が良かったような気が。 来週か再来週には…
Strapの化けの皮がようやく剥がれてきた感じです。Strapは3Dviewerだと思っていたのですが、サイトの名前をよく見るとMultiple Alignmentとあるように、マルチプルアラインメントが上手なツールだったようです（基本的になんでもできるのですが）。しかし色…
Multiple sequence alignment: Strap の動画を作ろうと思って調べていました。 このツール、タンパク質解析のツールなのですが、いろいろなことができます。DNA配列からアミノ酸配列に変換したり、マルチプルアラインメントなんてのは当たり前で、他のツール…
アップしました。 次はなんの動画を作ろうか迷っています。そろそろ新規作成したいです。のどが痛い・・・。
動画が完成しました。クリスマスなのでアップは２日後です。だいぶいろいろな機能（リンク集）が追加されていたのでタイトルはすこし変わりそうです。終わり。
動画を撮り終わって半分編集が終わりました。 来週には作り終わってアップまで行けそうです。今日は何事もなく平和でした。
２００９年に作った動画のアップデートです。 基本的な使い方は変わっていませんが、サイトの機能が増えました。 主にリンクが増えています。NIHの機関のデータ（主にNCBI、特にPubMed）とリンクしています。 単語が登場すればリンクしてあるといった感じな…
MMDBを使ってタンパク質の構造を知る 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル 動画のうｐが完了しました。 今回は前作アップデートというより、方向性は新しく作りなおした感じだったので良かったです。さて、次は何をやろうかと探ってい…
動画の編集が終了しました。 あとはページを書くだけなのですが、時間がないのでUPは来週になります。 次は挑戦的な動画を作るんでしょうかどうなんでしょうか。（そっけない）
動画の編集が７割程度終了しました。3Dの構造を見ることだけなら、PDBファイルをPyMOLなどをつかって見てしまうのが普通だそうです。 cn3ファイルはPDBファイルを基にして作ったデータらしいのですが、こっちを使うと何がやりやすいかなどはまだ判然としてい…
タイトルはこれに成ると思います。今回はMMDBの使い方に絞って、それに加えてPubMed、PubChem、CDDとのリンクを紹介することにしました。 具体的には、MMDBのページの見方、目的のタンパク質の3D表示、それと相同性のあるタンパク質の構造の検索などです。と…
http://togotv.dbcls.jp/20090625.html#p01 のアップデートとして、NCBIの構造ツールの紹介動画を作ろうと思います。タンパク質の構造を検索するところにだけ焦点を当てたいと思っています。 具体的にはMMDBの使い方です。（構造系ツールには、外にもCDD, Pu…
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜ドットプロット編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列検索編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜アライ…
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列検索編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル のアップロードが終了し、 そして DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜ドットプロット編〜 の編集がほぼ終了しました。予想通りdotmatcherの仕組みを日本語…
ボスが夏休みらしいので、配列検索編のアップロードがまたもや出来ませんでした・・・。ということでドットプロット編の編集開始しました。内容は特に難しい部分はないです。dotmatcherの説明文を書くのが若干難しいくらいですか。次回にはこっちも終わって…
配列検索編の方は、不具合でできなかったところが撮り終わって編集も全て終了しました。 DBCLSの迅速な対応が（ｒｙ 確認して頂いてないので、アップロードは来週になりそうです。そしてドットプロットの方ですが、また不具合らしきものが出てきて撮影がうま…
次はEMBOSSで使う人がいるのか心配なdotplot系です。 dotmatcher 使い道 で調べたところ講義資料のようなものが出てきたのでとりあえず使う人はいるようでした。dottup, dotpath, dotmatcher, polydotを軽く取り上げてみようかと思います。 来週は配列変換編…
一応前回撮影した動画の編集は終了したのですが、fuzz系はPROSITEというサイトで用いられている表記法での詳細検索が可能らしいのでその部分を追加で取ることにしました。しかし DBCLS Galaxyにバグを見つけてしまいました・・・。 PROSITE表記や正規表現な…
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方の第3弾 〜配列検索編〜 の動画を撮影しました。結局dregとpregは（すでに動画があるので）入れずに、入れるとしてもただの検索ではないので別にしたほうがいいと思って、今回はfuzzpro,fuzznuc,fuzztranの３つにしました。
DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜アラインメント編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル次はEMBOSSの検索系のまとめを作ろうと思っているのですが、どんな場面で検索をかけるのかよくわからないので、どうストーリーを練ろうか悩んで…
動画編集がほとんど終了しました。 あとは微修正してあげるだけです！来週あげるますます！最近暑いです。飲み物がすぐ減ります。あと誰かmergerの使い道を教えて欲しいです。
編集が半分くらい終わりました。 アラインメントを塩基配列に対して行なっていたのでIdentityとSimilarityの値がいつも同じだったのですが（何が違うのか分からなかった）、アミノ酸配列でやったらなるほどという感じでした。 しかし類似しているアミノ酸残…
