GeneStudio1
GeneStudio.com | Free molecular biology software
DNA配列のサンガーシークエンスによって得られた波形ファイル(ab1)を扱うソフトウェアです。
複数の配列ファイルをマルチプルアラインメントしたり、断片をアセンブルしたりするのが主な用途です。
波形を扱う代表的なソフトにBioEdit Sequence Alignment Editor for Windows 95/98/NT/XPがありますが、これとの比較で調査します。
※前提として2つとも"GUIで"というのが利点
BioEditの方がはるかに機能が多く、またもともとチケット名が「GeneStudioで塩基配列をアセンブルする」なのでそれに焦点を当てて調べていきます。
BioEdit
ファイルを開く（複数選択可、ドラッグ＆ドロップ不可）
→波形のウインドウと配列のウインドウが出てくる
→アセンブルしたい配列をコピーして一つのウインドウにコピーして並べる
→SequenceタブからPairwise→alignmentする
しかし、これはグローバルアラインメントなのでアセンブル(Contig(複数の断片)から長いコンセンサス配列を作る)はあまりできないみたいです。
※追記 ローカルも出来ましたが、複数だと厳しい？
GeneStudio
Contig Editor
→ファイルを開く(複数選択可、ドラッグ＆ドロップ可)
→アセンブルするか、トリムするかなど聞かれるので言われるがままにする
→できる
→波形のトリムをドラッグで調整できる（波形と配列が同時に表示されていて見やすい）
→不明瞭な部分を聞かれるので直していく(キーボードで消したり挿入したりできる)
→コンセンサス配列をエクスポート
ただ、どちらも波形のデータ（.ab1）を扱っているので、逆転ができないという欠点があります。もし+鎖と-鎖が混在している場合、どちらかをEMBOSS revseqなどに掛ける必要があります。
※追記 BioStudioの方は、既にコンセンサス配列（理想とする配列）がある場合はそれと合わせてアセンブルすることで、勝手に逆転してくれました。（BioEditは無理）
