Arabidopsis eFP Browser 2

一通り編集も終わって原型ができてしまったのですが、h_onoさんが不在だったためうｐは次回になりそうです。
ということでこのブラウザの特徴を言葉で書いていこうと思います。（前回消えたやつや）

・遺伝子のIDを入力することで、その遺伝子発現量を見る。
・イラストに色がついた形で、見やすく表示される。
・発現量は、 "Data Source" をいじることで組織別、ステージ別、与えたストレス別、標準化方法別に見ることができる。
・"Mode"が3種類あり、 "Absolute" は絶対発現量を表示し、 "Relative" は最大の発現量の部分と最低の発現量の部分の間のグラデーションが赤から青まで最大のコントラストで変化するように倍率で表示し、"Compare"は2つの遺伝子IDを入力することによりその差を倍率で表示する。
・詳細に数値が知りたい場合は、データテーブルやチャート図を表示することもできる。

"Absolute" は標準化の方法が同じであれば他の "Data Source" と比べることもできるかもしれません。 "Relative" は全体的に発現量が高いとか、低いとか、差が見にくい場合や、foldの値をみたいときに用いると良いです。Compareが一番実用的で、ハウスキーピング遺伝子などと比較することにより、別の実験データとの比較もしやすくなります。

チケット発行者のiNutさんとお話もしました。

使う上での注意点は、目的の遺伝子IDがわかっていないといけないということです。例えば、「成形の葉で特異的に発現している遺伝子を探す」ということはできません。あくまで自分の知りたい遺伝子が分かっている状態で、その機能が不明なのであれば転写因子などと比較して目星をつける、あるいは他種の植物から採った自分の実験データをホモログのデータと照らし合わせるなどという使い方になるでしょうか。