cutadaptをlocal installする

アダプタープライマートリムツールであるcutadaptをローカルでインストールしたバージョンで動かしたいという場合の方法。
cutadaptはpipでインストールすることができるが、実行時に実際に直接叩いているのは以下のスクリプト。

#!/usr/bin/python
import sys

try:
        import _preamble
except ImportError:
        pass

from cutadapt.scripts import cutadapt
cutadapt.main()

すなわち、ここに書かれている/usr/bin/pythonを使って以下のスクリプトを実行しているということ。
ローカルのバージョンで使いたいという場合は、ローカルにpythonをインストールし、そこからpipでcutadaptをインストールする。
以下は例。

$ cd $WORK ##local_installするPATHへ
$ wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.14/Python-2.7.14.tgz
$ tar zxf Python-2.7.14.tgz
$ cd Python-2.7.14
$ wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
$ ./python get-pip.py 
$ ./python -m pip install cutadapt==X.X.X ##versionを指定する
$ cat > ./cutadapt.py ##コピーして書いてしまう
#!/usr/bin/python
import sys

try:
        import _preamble
except ImportError:
        pass

from cutadapt.scripts import cutadapt
cutadapt.main()
$ ./python ./cutadapt.py -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq ##実行

追記

最新のバージョンではスクリプトの中身が変わっている。

# -*- coding: utf-8 -*-
import re
import sys

from cutadapt.__main__ import main

if __name__ == '__main__':
    sys.argv[0] = re.sub(r'(-script\.pyw?|\.exe)?$', '', sys.argv[0])
    sys.exit(main())