Bowtie2のoptionは複雑で、とりあえずデフォルトで回してからSAMをパースしている人は多いかもしれない。 マニュアルを良く読むとスコアをきちんと設定すれば色々設定できる。Bowtie 2: Manual 特に以下の部分。 Scoring options --mp MX,MN Sets the maximu…