アップしました。 次はなんの動画を作ろうか迷っています。そろそろ新規作成したいです。のどが痛い・・・。

動画が完成しました。クリスマスなのでアップは２日後です。だいぶいろいろな機能（リンク集）が追加されていたのでタイトルはすこし変わりそうです。終わり。

動画を撮り終わって半分編集が終わりました。 来週には作り終わってアップまで行けそうです。今日は何事もなく平和でした。

２００９年に作った動画のアップデートです。 基本的な使い方は変わっていませんが、サイトの機能が増えました。 主にリンクが増えています。NIHの機関のデータ（主にNCBI、特にPubMed）とリンクしています。 単語が登場すればリンクしてあるといった感じな…

MMDBを使ってタンパク質の構造を知る 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル 動画のうｐが完了しました。 今回は前作アップデートというより、方向性は新しく作りなおした感じだったので良かったです。さて、次は何をやろうかと探ってい…

動画の編集が終了しました。 あとはページを書くだけなのですが、時間がないのでUPは来週になります。 次は挑戦的な動画を作るんでしょうかどうなんでしょうか。（そっけない）

動画の編集が７割程度終了しました。3Dの構造を見ることだけなら、PDBファイルをPyMOLなどをつかって見てしまうのが普通だそうです。 cn3ファイルはPDBファイルを基にして作ったデータらしいのですが、こっちを使うと何がやりやすいかなどはまだ判然としてい…

タイトルはこれに成ると思います。今回はMMDBの使い方に絞って、それに加えてPubMed、PubChem、CDDとのリンクを紹介することにしました。 具体的には、MMDBのページの見方、目的のタンパク質の3D表示、それと相同性のあるタンパク質の構造の検索などです。と…

http://togotv.dbcls.jp/20090625.html#p01 のアップデートとして、NCBIの構造ツールの紹介動画を作ろうと思います。タンパク質の構造を検索するところにだけ焦点を当てたいと思っています。 具体的にはMMDBの使い方です。（構造系ツールには、外にもCDD, Pu…

DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜ドットプロット編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列検索編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜アライ…

DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列検索編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル のアップロードが終了し、 そして DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜ドットプロット編〜 の編集がほぼ終了しました。予想通りdotmatcherの仕組みを日本語…

ボスが夏休みらしいので、配列検索編のアップロードがまたもや出来ませんでした・・・。ということでドットプロット編の編集開始しました。内容は特に難しい部分はないです。dotmatcherの説明文を書くのが若干難しいくらいですか。次回にはこっちも終わって…

配列検索編の方は、不具合でできなかったところが撮り終わって編集も全て終了しました。 DBCLSの迅速な対応が（ｒｙ 確認して頂いてないので、アップロードは来週になりそうです。そしてドットプロットの方ですが、また不具合らしきものが出てきて撮影がうま…

次はEMBOSSで使う人がいるのか心配なdotplot系です。 dotmatcher 使い道 で調べたところ講義資料のようなものが出てきたのでとりあえず使う人はいるようでした。dottup, dotpath, dotmatcher, polydotを軽く取り上げてみようかと思います。 来週は配列変換編…

一応前回撮影した動画の編集は終了したのですが、fuzz系はPROSITEというサイトで用いられている表記法での詳細検索が可能らしいのでその部分を追加で取ることにしました。しかし DBCLS Galaxyにバグを見つけてしまいました・・・。 PROSITE表記や正規表現な…

DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方の第3弾 〜配列検索編〜 の動画を撮影しました。結局dregとpregは（すでに動画があるので）入れずに、入れるとしてもただの検索ではないので別にしたほうがいいと思って、今回はfuzzpro,fuzznuc,fuzztranの３つにしました。

DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜アラインメント編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル次はEMBOSSの検索系のまとめを作ろうと思っているのですが、どんな場面で検索をかけるのかよくわからないので、どうストーリーを練ろうか悩んで…

動画編集がほとんど終了しました。 あとは微修正してあげるだけです！来週あげるますます！最近暑いです。飲み物がすぐ減ります。あと誰かmergerの使い道を教えて欲しいです。

編集が半分くらい終わりました。 アラインメントを塩基配列に対して行なっていたのでIdentityとSimilarityの値がいつも同じだったのですが（何が違うのか分からなかった）、アミノ酸配列でやったらなるほどという感じでした。 しかし類似しているアミノ酸残…

DBCLS GalaxyのEMBOSS(Alignment編)の動画撮影が終了し、編集も少し進めました。 再来週辺りにあげられるといいなぁ。（早足

DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列変換編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル 5週でやっと上がりました。 Galaxyの使い方になれるのに時間がかかったので次は4週以内で上がることを祈ります。そしてその「次」ですが、こんどはEMB…

動画編集終了です！ 水曜日にMOVに変換して統合TVに上げます！

EMBOSSの変換編の編集が、 revseq,prettyseq,sixpackの分は終わりました。だいぶスムーズに作れるようになったと思う。 来週は休みだから再来週にはあげられるかなぁ。

DBCLS GalaxyのEMBOSSの使い方の動画を撮り終えて編集に入りました。 今回、主な変換ツールのrevseq, prettyseq, sixpack(これは変換だけじゃないけど), backtranseqをまとめて動画にしました。（少し長くなりそうｗ 使った塩基配列は１つだけで、sixpackで…

次の仕事はDBCLS GalaxyのなかのEMBOSSを作ること。 また、バグフィックスも兼ねているのでいろいろいじれとの司令。今日はEMBOSSのツールにどういうものがあるのか、過去の動画を見て調査しました。・merger 塩基配列２つをアラインメントし、スコアを返す…

アップデートが必要ATTED-IIを使い倒す http://togotv.dbcls.jp/20090522.html#p01Spotfireを用いたマイクロアレイデータのGene Ontologyによるアノテーション http://togotv.dbcls.jp/20090808.html#p01Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝…

あとは遺伝子発現制御だけです。 るおりんが適当な順番でやっているようなのでうわああぁ発現制御解析遺伝子・タンパク質発現を網羅的に調べたい Allen Brain Atlasを使い倒す 〜基本編〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル ht…

タンパク質配列・構造解析 タンパク質のモチーフやドメインを知りたいときPDBj Mineを使ってタンパク質を検索する 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル ほとんど全く変わっていない。 アップデート不要万見(Yorodumi)の使い方 基本と…

進捗状況 3人でやっているのでどの辺まで終わっているかまとめておきます。 ・ゲノム・核酸配列解析 終了 ・タンパク質配列・構造解析 tryが手をつけ始めた。 ・発現制御解析 るおりんがやってる。 ・文献検索・辞書 情報収集 PC環境構築 終了 ・DBCLSサービ…

今日は動画のページ（ダイジェスト、スーパー、Youtube）を作り終えたあと、アップデートが必要な動画の調査をしていました。 動画ページは→ArrayExpressを使い倒す1 データの検索方法および生データのダウンロード方法 2012 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・…