作った動画を確認していただいたところまた仕様が変わるらしくpendingらしいです。 緊急で作ってと言われたのに仕様変更を差し挟むとはなかなか気が利いていますね。アップ出来たら載せられる予定だった文章でも貼っておきます。aLeaves - first step to bui…

aLeaves - first step to build zoologically informative phylogenetic trees分子系統解析をするツールです。 なんか１日で動画編集終了まで行ってしまったので確認したらすぐ上がると思います。

GeneStudioを使って塩基配列をアセンブルする 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル出来ました。今回は慣れている分野だったので早業かも。 動画で使っているデータは自炊したもので貼っていいか分からなかったので貼ってません。ABIの…

GeneStudio1に追記しましたが、複数のreadsをアセンブルするにはGeneStudioがとても便利だということがわかったので、こちらを用いて解説動画を作ります。BioEditでも出来ないことはないですが、複数を同時にやることは不可能だし、波形と配列を逆転して表示…

GeneStudio.com | Free molecular biology softwareDNA配列のサンガーシークエンスによって得られた波形ファイル(ab1)を扱うソフトウェアです。 複数の配列ファイルをマルチプルアラインメントしたり、断片をアセンブルしたりするのが主な用途です。波形を扱…

次に動画を作ろうとしたのはCiteAb | The Antibody Search Engine というサイトなのですが、似た検索サイトに 抗体検索サイトBioBreaを使い倒す 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル というものがあります。今回はこのサイトとの比較…

3日前に来た時に日記を書き忘れましたHuman Brain Transcriptomeを使ってヒトの脳の発達に関する時空間トランスクリプトームを見る 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルできてました

この前撮影したものについて、8割方編集が終わりました。 英語を翻訳する（あるいは翻訳されたものを探す）のが時間がかかりますねぇ。 追加調査についてはまた次週。

サイトの機能としては、（Webツールとして解析するのではなく）データベースとして解析結果を表示するというシンプルなものだったので、短めになりそうです。 撮影してすこし編集しました。解析結果がPDFとして入手できるのですが、生の数値データが入手でき…

GeneSigDBを使って ある生命現象を特徴づける遺伝子セットを検索・比較する 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル できました。gene set と gene signature の使い分けがなんとなく理解できたことにしておきます。次はHBT - Human Brai…

編集が終わりました。が、動画のアップは来週になります。Camtasia8は動画とフキダシなどがシンクロしていなくていい面もあるのですが、ちょっと修正を入れたいと思って説明を挿入しようと思った場合、他の吹き出しを全選択して移動させなければいけないので…

動画の編集中です。 ６割くらい編集が完了しました。Camtasiaが新しくなったことに加えて、若干日本語訳しにくい言葉遣いのサイトなのですこし編集ペースが遅い気がします。 しかしEMBOSSのツール名のときにも思ったけど生命系のツールはなんか面白い言葉遣…

http://compbio.dfci.harvard.edu/genesigdb/ ためしに動画を撮り始めました。GeneSigDBをが何の役に立つのかいまいちわかっていないのですが、主に疾患の論文に記載されているマイクロアレイなど実験結果の遺伝子セットが大量に登録されています。 複数の遺…

GeneMANIAを使って遺伝子間ネットワークを検索する 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル 上げました。次はGeneつながりでGeneSigDBの動画を作ろうと思います。 これはGOやKEGGなど、個別の遺伝子に関するデータベースはあるものの、Ge…

できました。 動画ファイルの出力までは終わったのですが、Tダイアリーを書く暇がなかったのでうｐは来週にします。最近動画を作る手際が良くなってきたような気がします。

GeneMANIAの例を探していたということなんですが、山中ファクターとその周辺の遺伝子についてWikipediaちゃんの助けを借りて調べました。 実はこれらの遺伝子の役割ってあまり解明されていないんですね。ヒストンメチル化阻害剤となる化学物質で代用できるこ…

GeneMANIA GeneMANIAについて使い方はよくわかったのですが、良い例が見つからない（出てきた結果の評価ができない）ということで、幹細胞(特にiPS)に特異的な遺伝子について勉強することになりました。 特定の遺伝子について知識を持っておくと、今後動画を…

アップロードしました。 タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 発展編 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルなんか微妙でした。今度はGeneManiaというものの解説動画を作ってみることにしました。 これはある遺伝子を検索す…

名前を応用編から発展編に変えました。（別に応用しているわけではないので）タンパク質の比較を主に、面白い機能だけピックアップして紹介する形にしました。 ヘモグロビンだけ比較しているからつまらないのであって、「こうすると面白いよ」と書けば大丈夫…

今日は収穫祭のプレゼンの準備をしていました流れはこんなかんじに スライドはこの内容からは想像できない感じになっています・自己紹介 * 名前、大学、Twitterアカウント、牧場の話 収穫祭は初めてなのでやってきたことを時系列順に紹介します・ArrayExpres…

応用編、取り敢えずひと通りできることを動画に収めてみました。 まだ無駄な分をカットしていないのでどのくらいの長さになるかはわかりませんが、おそらくまた１０分弱になるのかも……。応用編といっても、特に面白いことをしているわけではなく、基本編で説…

タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜基本編〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル長編だけど基本編、上がりました。 応用編を作ろうと必死に調べていますがなかなか調べきれません（汗 来週に撮影ができたら良い方でし…

動画が出来上がりました。 まだチェックしてもらっていないのでうｐは来週になりそうです。基本編ということは応用編もあるわけで、どのようにやろうか考えています。 基本編にダイジェストを含めてもいいかなと思ったんですがあまりにも機能が多くてダイジ…

動画を撮影し、7/10編集が終わりました。今回はズームとパンを多用しているのですが、不断もこの方が作りやすいです。６回別々に撮ってつなぎあわせたんですが、動画ファイルを一つにまとめるよりもこっちの方が効率が良かったような気が。 来週か再来週には…

Strapの化けの皮がようやく剥がれてきた感じです。Strapは3Dviewerだと思っていたのですが、サイトの名前をよく見るとMultiple Alignmentとあるように、マルチプルアラインメントが上手なツールだったようです（基本的になんでもできるのですが）。しかし色…

Multiple sequence alignment: Strap の動画を作ろうと思って調べていました。 このツール、タンパク質解析のツールなのですが、いろいろなことができます。DNA配列からアミノ酸配列に変換したり、マルチプルアラインメントなんてのは当たり前で、他のツール…