"in"を使って要素の有無を判定する時、ListとDictionaryで速いのはどちらなのだろうと疑問に思ったので調べた。with Python 2.7.11 l = [1,2,3,4,5] for i in range(10000000): if 1 in l: pass real 0m1.017s user 0m0.853s sys 0m0.141s d = {1:"", 2:"", …

ある遺伝子(機能)セットと代謝ネットワークデータを用いて、上流の化合物から下流の化合物に行くpathwayがあるか調べたい。 PythonのnetworkXを使って最短経路を出すドキュメントはたくさんあったが、エッジの有無によってFlow解析についてはあまりなかった…

アダプタープライマートリムツールであるcutadaptをローカルでインストールしたバージョンで動かしたいという場合の方法。 cutadaptはpipでインストールすることができるが、実行時に実際に直接叩いているのは以下のスクリプト。 #!/usr/bin/python import s…