aLeaves２

作った動画を確認していただいたところまた仕様が変わるらしくpendingらしいです。
緊急で作ってと言われたのに仕様変更を差し挟むとはなかなか気が利いていますね。

アップ出来たら載せられる予定だった文章でも貼っておきます。

aLeaves - first step to build zoologically informative phylogenetic treesは、理化学研究所 多細胞システム形成研究センター（CDB）が提供する、分子系統解析ツールです。ある１つのアミノ酸配列を用意するだけで、類似タンパク質を生物種ごとに分けられた特定のデータベースからBLAST検索してmultifastaを作成、それをMAFFTというサーバに送ることで、系統樹作成、取捨選択、アラインメントという分子系統解析に必須な一連の作業を簡易に行うことができます。

ついでにArabidopsis eFP Browserの調査をはじめました。シロイヌナズナの遺伝子発現情報について組織ごとに大量にデータが纏められていて、なんかパッと見しょぼい絵に色を付けることで分かりやすくしています。トロント大が作ったようで、以前自分が解説動画を作ったGeneMANIAにリンクが貼られていました。

データの出自がバラバラなので（大量のデータなので当然ですあが）統一性がどうなんだろうと思ったりします。主な使い方としては自分の持っているサンプルとの比較に使うそうですが、未だにどういう研究するんだろうというのが判然としないのでどう解説を作ってよいか分かりません。如何せん調べられるものが多いツールなので全部紹介したら２０分位になってしまいそう。省略できるところをどう省略するか考えていくことになりそうです。