GeneMANIA完成、GeneSigDB1

GeneMANIAを使って遺伝子間ネットワークを検索する 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
上げました。

次はGeneつながりでGeneSigDBの動画を作ろうと思います。
これはGOやKEGGなど、個別の遺伝子に関するデータベースはあるものの、GeneSetに焦点を当てたツールがないということで2009年に作られたものらしいのですが中身はまだ見ていません。
GeneSetの情報を得ようと思うとどうしても論文からデータを取ってこなくては行けないのですが、そこをうまく作ったらしいです？。
GeneSigDB: a manually curated database and resource for analysis of gene expression signatures
（まだイントロまでしか読んでいません）

取り敢えずこの論文を読んだら来週は実際にツールを使ってみようと思います。
こんどこそ山中ファクターの知識を……。

あとCamtasia8が導入されたらしいのでつかいたい。

GeneMANIA2

GeneMANIAの例を探していたということなんですが、山中ファクターとその周辺の遺伝子についてWikipediaちゃんの助けを借りて調べました。
実はこれらの遺伝子の役割ってあまり解明されていないんですね。ヒストンメチル化阻害剤となる化学物質で代用できることもあるようで。

そもそも、山中ファクターは4つが関連している遺伝子というわけではなく、どちらかというとバラバラに転写制御しているという感じなのでGeneMANIAのいい例とはならないのかも。取り敢えずOct3/4とSOX2だけは相互作用しているということがわかったので、これらを例にとって動画を撮りました。

GeneMANIA１

GeneMANIA
GeneMANIAについて使い方はよくわかったのですが、良い例が見つからない（出てきた結果の評価ができない）ということで、幹細胞(特にiPS)に特異的な遺伝子について勉強することになりました。
特定の遺伝子について知識を持っておくと、今後動画を作る上で理解しやすいということで、世間一般に知れている遺伝子である山中因子からスタートすることにしました。
（研究室に所属すると「萌え遺伝子」ができるらしいですが、まだないので……。）

Oct3/4, Sox2, また未文化マーカーであるNanog、ES細胞マーカーの種類などについて少し調べました。
発生はすこし（しかもアフリカツメガエルがほとんど）しか勉強してないので時間がかかります。

Strapを使い倒す〜発展編〜３

アップロードしました。
タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 発展編 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル

なんか微妙でした。

今度はGeneManiaというものの解説動画を作ってみることにしました。
これはある遺伝子を検索すると、他の遺伝子との関係を可視化してくれるツールです。
インターフェースは綺麗で分かりやすいし、初歩的なことは公式にGetting started with GeneMANIAがあるので、少し発展的な使い方を紹介できたらいいなと思います。

Strapを使い倒す〜発展編〜２

名前を応用編から発展編に変えました。（別に応用しているわけではないので）

タンパク質の比較を主に、面白い機能だけピックアップして紹介する形にしました。
ヘモグロビンだけ比較しているからつまらないのであって、「こうすると面白いよ」と書けば大丈夫な気がして来ました（使うのはちゃんと研究対象がある人だと思うので）。

編集は７割くらい終わりました。次回に上げたい。

収穫祭準備

今日は収穫祭のプレゼンの準備をしていました

流れはこんなかんじに
スライドはこの内容からは想像できない感じになっています

・自己紹介 *
　名前、大学、Twitterアカウント、牧場の話
　収穫祭は初めてなのでやってきたことを時系列順に紹介します

・ArrayExpress *
　大学１年からバイトを始めたので全然わかりませんでした *
　　最初は動画のアップデートから始めました
　　　ツールやDBの更新に伴いアップデートをすることもあります
　　どんな実験によるどんなデータなのか分からない
　　用語がわからない(読み間違い)
　　マイクロアレイについては原理だけ知っている状態
　　今はわかるようになりました
　わからなくても何とかなります *
　　本当にわからない部分は質問すればOK
　出勤４回くらいで一つの動画が出来上がりました

・アップデートが必要な動画の調査
　今までに作られた動画で、アップデートが必要なものを探す *
　　とりあえず動画のとおりにやってみる
　　　インターフェースが変わっているもの
　　　リンクが切れているもの
　　　動画のとおり動かしてもうまくいかないもの
　　　→リストアップ
　Curatedのミスも見つけてみる *
　　手動で編集しているので、ミスもある *
　この作業のお陰で色々なツールやDBを知ることができました

・Galaxy EMBOSSの使い方 *
　要アップデートなものの中に、EMBOSSがありました
　　配列を弄るツールの紹介動画を作りたかった
　　例：revseq
　もともとDBCLSで日本語版の（？）EMBOSSを提供していた *
　　苦情？も来ていた
　Galaxy内のツールとして移行（？）
　　→Galaxyの使い方の一部として紹介動画を作ることに
　（講習会なんかで使われているようです）
　この動画を作る過程で、バグも発見しました
　　DBCLSのバグチェックの意味も含んでいました
　４つで４ヶ月やっていました
　　配列変換・アラインメント・配列検索・ドットプロット

・他の動画も……
　MMDB
　　NCBIの他のデータベースへのリンクが多かった
　Sigma-AldrichのYour Favorite Gene
　　（リンク集とはいえ）いろいろな機能が揃っていた
　Strap
　　万能ツールだった（製作中）

　「このように、動画のアップデートから少しずつ範囲を広げていけば
　　勉強しながら万能なツールの紹介動画などを作ることもできます！」