HumanBrainTranscriptome 2

サイトの機能としては、(Webツールとして解析するのではなく)データベースとして解析結果を表示するというシンプルなものだったので、短めになりそうです。
撮影してすこし編集しました。

解析結果がPDFとして入手できるのですが、生の数値データが入手できそうでできないので「データマイニングできるの?」という感じです。実はsupplemantalのところにあるかもしれないので引き続き調査します。できそうならば追加撮影したいというところ。

GeneSigDB5、HumanBrainTranscriptome1

GeneSigDBを使って ある生命現象を特徴づける遺伝子セットを検索・比較する 統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
できました。gene set と gene signature の使い分けがなんとなく理解できたことにしておきます。

次はHBT - Human Brain Transcriptome : Homeをやってみようかと思います。遺伝子発現続きで(というかそればっかり残っているような気がする)。
個人的にはもう少しバクテリア関連をやりたいんですけど。

GeneSigDB 4

編集が終わりました。が、動画のアップは来週になります。

Camtasia8は動画とフキダシなどがシンクロしていなくていい面もあるのですが、ちょっと修正を入れたいと思って説明を挿入しようと思った場合、他の吹き出しを全選択して移動させなければいけないので非常に面倒です(しかも重くなる)。
OpeningTitleを入れるときも同様でした。一方、動画と画像がシンクロしていないのでロゴを入れるのは楽でした。
あと画面切り替えは賛否両論ありそうですが、ぎりぎりで8に軍配。
ズームとパンは問答無用で7の勝ち。

(Camtasiaの話しかしていない

GeneSigDB3

動画の編集中です。
6割くらい編集が完了しました。

Camtasiaが新しくなったことに加えて、若干日本語訳しにくい言葉遣いのサイトなのですこし編集ペースが遅い気がします。
しかしEMBOSSのツール名のときにも思ったけど生命系のツールはなんか面白い言葉遣い(お硬くない言葉遣い)をするものが多いなぁ。

GeneSigDB2

http://compbio.dfci.harvard.edu/genesigdb/
ためしに動画を撮り始めました。

GeneSigDBをが何の役に立つのかいまいちわかっていないのですが、主に疾患の論文に記載されているマイクロアレイなど実験結果の遺伝子セットが大量に登録されています。
複数の遺伝子名から、それらが同時に登録されている遺伝子セットを探したり、複数の遺伝子セットから、そこに同時に登録されている遺伝子を検索することが主な使い方です。
目的の遺伝子が同時に登録されている遺伝子セットが見つかれば、そのもとになっている論文を辿ることができる、という感じでしょうか。

取り敢えずできることを撮って、使い方はお任せします、という感じになりそう。ヒトとラットとマウスしかデータがないので、医療関係の研究者向けでしょう。