EMBOSS(Alignment編)その２

編集が半分くらい終わりました。
アラインメントを塩基配列に対して行なっていたのでIdentityとSimilarityの値がいつも同じだったのですが（何が違うのか分からなかった）、アミノ酸配列でやったらなるほどという感じでした。
しかし類似しているアミノ酸残基というのがAlgorithmによって定義された行列のpositive comparisonによって定義されるという記述が全く理解できませんでした。