動画のページ完成&アップデートが必要なものの調査

今日は動画のページ（ダイジェスト、スーパー、Youtube）を作り終えたあと、アップデートが必要な動画の調査をしていました。
動画ページは→ArrayExpressを使い倒す1 データの検索方法および生データのダウンロード方法 2012 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル

DBCLS ｜ライフサイエンス統合データベースセンターの
ゲノム・核酸配列解析

http://togotv.dbcls.jp/movie/070926get_multi_fasta_f.html
（動画の文字が見えない・・・）
NCBIのページが変わってBLAST検索にへの行き方が分からない人もいるかも。
検索結果の画面が大幅に変わっている。
データの取得がどこから行えばいいのか分からず・・・。
先に進めなかった。
要アップデート。

ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
2011年版の動画に差し替わっているが、Curatedのエントリが08年のままで、作成日もそのままになっている。
2011年版の動画自体は問題なかった。
Curatedの作成日を要変更

http://togotv.dbcls.jp/movie/091217ucscdna_f.html
全く変わっていない。
面白いサイトだった。

http://togotv.dbcls.jp/movie/100204kazusamart_f.html
Mus Musculusなどの生物種を選択するところの表示が少し変わっている。
"Go to reference sequence details"の場所が右に移動している。
ボタンの位置の変更等のみなのでアップデート不要。

BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマイクロアレイのプローブ ID 対応表を作成する 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 BioMartを使ってさまざまなIDの変換対応表を作成する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 BioMartを使い倒す比較ゲノミクス編統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
TOPページがものすごくおしゃれになっている。
まったく分からない。
なんかwebページではなくて　ソフトウェアになってるっぽい。
すべて要アップデート
Biomart v0.8を使ってIDから遺伝子情報を取得する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルこれを参考にして作りなおしたほうがいいっぽい。

http://togotv.dbcls.jp/movie/100204kazusamart_f.html
http://togotv.dbcls.jp/movie/100216kazusamart02_f.html
KazusaMartのページがリンク切れしていた。
BioMartが死んでいるため、kazusamartも巻き添えを食らっている模様。
かずさのページの問題であるが、そのうち修正されるかもしれない。
様子見or消去？

Ensemblの使い方〜配列を取得する〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜2009 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Ensembl tips 配列を比較する 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
nestin、ADIPOQのエントリが502 Bad Gatewayを吐く
Ensemblのサイト自体は変わっていない。
一時的なリンク切れの可能性もある。
様子見

MiGAPの使い方〜導入と基本操作〜統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
モザイクが見えてるｗｗｗ
サイト自体に変更はなさそう。
アップデート不要。

NCBI BLASTの使い方基本編 2010 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 塩基配列をどこから持ってきたのか・・・。
サイト自体に大きな変化は見当たらない。
アップデート不要。

Trace Archiveを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
DDBJのTraceArchiveのページが少し変わっている。
小さな変化なので放置して良いかと。
アップデート不要。

新たなる有用遺伝子候補を探索する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 NCBIのTOPが少し変わっている。
BLASTのChooseSetMenuに"Environmental Samples"がなくなっている。
また、検索結果のScoreの他にMAXindentなど新しく加わっている。
NCBIのTOPが変わっているため、ORFFinderがなくなっている。
重要性は分からないが、アップデートが必要かもしれない。

機能既知遺伝子をデータベースから検索する(1/3 ARSA による既知遺伝子の検索) 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 機能既知遺伝子をデータベースから検索する(2/3 ClustalWによる系統解析) 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 機能既知遺伝子をデータベースから検索する(3/3 TreeViewによる系統樹作成) 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ARSAの仕様が結構変わっている。
検索結果がだいぶ違った。
投稿TVらしいが、アップデートする必要性はあるんのだろうか。要アップデート？？

PSI-BLASTで類縁の配列を調べ倒す 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
変更点なし。
アップデート不要。

LocalBLASTは出来るらしいので飛ばした

http://togotv.dbcls.jp/movie/100405sv02_f.html
MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
なんかソフトなので飛ばした。

配列のアラインメント作成ツールClustalWを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 ClustalWを使い倒す 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
同じ動画に2つのエントリがあった。
古いページを消したほうがよいか。
おそらく内容は大丈夫。
要削除？

Spotfireを用いたSNP解析における頻度差の可視化統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
BioMartにちゃんとリンクされてて感動
少し仕様が変わっている。ボタンがなくなっている。
検索結果が何も出てこない。
どうすればいいのだろう。
可能かどうか分からないが、要アップデート

Entrez SNP を使い倒す(前編)PubMed/OMIMへの扉をひらく統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Entrez SNP を使い倒す(後編)下戸遺伝子の多型をさぐる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
"1000 genomes"のタブがなくなっている。
他は大幅な変更はなし
アップデート不要。

HapMapを使い倒す鎌状赤血球のSNPをさぐる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ほとんど変更はなし。
アップデート不要。