TRYAL AND ERROR

アップデートが必要なものの調査４

あとは遺伝子発現制御だけです。
るおりんが適当な順番でやっているようなのでうわああぁ

発現制御解析

遺伝子・タンパク質発現を網羅的に調べたい
Allen Brain Atlasを使い倒す〜基本編〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 http://togotv.dbcls.jp/movie/090719BA2_f.html
結果の画面が結構変わっている。
基本編はまだいいが、応用編はこれでは全く分からない状態。
アップデート必要。

GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

http://togotv.dbcls.jp/movie/090522Atted_f.html
トップページから大幅に変更が加えられている。
アップデート必要。

植物ESTボディーマップを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
植物ESTボディマップ・ヒト統合ボディマップ自体がなくなっている。
更新するにもできないのでどうしたらいいか。
保留。

BodymapXSを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)にマイクロアレイデータを登録(Submit)する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
変わってなさそう。
アップデート不要。

Cell Montage を使って遺伝子発現プロファイルを検索する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

BrainStarsを使ってマウスの脳の各部位における遺伝子の発現量を調べる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
変わってない。
アップデート不要。

遺伝子、タンパク質を機能別に分類したい
DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
デザイン（色とか）は変わっているが基本的な機能、配置に変わりはない。
アップデート不要。

Spotfireを用いたマイクロアレイデータのGene Ontologyによるアノテーション統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
Affymetrix社のページが変わっている。
アップデート必要。

GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
たぶん大丈夫なはず・・・。
GOidがよくわからないから先に進めなかった・・・。
保留

Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
Curatedのカテゴリーを新しいものに書き換えておいた。
内容は問題なし。
アップデート不要。

遺伝子やタンパク質の発現が何によって制御されているか調べたいとき
Galaxyを使い倒す特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
DBCLS galaxyのサイトのURLと仕様が大幅に変わっている。
アップデート必要。

MGIの使い方その1 ノックアウトマウス情報の有無を調べる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
検索結果など、若干の仕様の変化はあるが、普通に動画通りに進める。
アップデートの必要性は低い。

siDirectでsiRNAを設計する 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

miRBaseの使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。
アップデート不要。

microRNA.orgの使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
多分大丈夫。
アップデート不要。

http://togotv.dbcls.jp/20110712.html#p01
問題ない。
アップデート不要。

DNA、遺伝子、タンパク質、代謝産物などのさまざまな生体分子間の関係を調べたい
Website for Alternative Splicing Predictionの使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 googleの仕様が戻っているが大した変化ではない。
アップデート不要。

二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKの使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ソフトみたいなので大きな変更はないだろう。
投稿TVなのでアップデート不要か。
と思ったらすでにチケットが切られていた。

UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
アップデート不要。

SigmaAldrichのYour Favorite Geneを使ってパスウェイや相互作用ネットワークを可視化する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
TOPの画像の配置が大幅に変更。
検索結果のタブの数などいろいろ変更。
アップデート必要。

NCBI Biosystemsを使ってレチナールの代謝経路を調べる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
retinal metabolism という項目が消えている。
動画が「レチナールの代謝経路」となっているのでアップデートしたほうがよさそう。
アップデート必要性低い

Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Reactomeを使い倒す〜2・Reactomeへのマッピング〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
search resultのタブが消えている程度。
アップデート不要。
Reactomeを使い倒す3・PathFinder 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
上2つと同じReactome関連の動画だが、これだけアップデートされていない。
しかしアップデート不要。

Cytoscape を使い倒す!〜基本操作編〜統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 Cytoscape を使い倒す!〜応用発展編〜統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
最近のソフトなのでアップデート不要だと思う。

エピジェネティクス解析
QUMAを使い倒す1、メチル化状態解析モード統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 QUMAを使い倒す2、統計解析モード統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
配列データを直接貼り付けることが不可能になっている。
（データのアップロード形式でのみ）
サイト自体にこの統合TVのリンクが張ってあるのでアップデートの必要性は低いか。

次世代（新型）シーケンサー解析
今日からはじめるDDBJ Read Annotation Pipeline 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 スパコンかなんかの関係でDDBJのサービスが終了・中断していた。
保留。

Avadis NGS の使い方〜導入編〜統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
問題なし。ちょうど作業しているPCにログインの後とインストールしたソフトの痕跡が・・・。
アップデート不要。

これで調査は終了です。
つかれた・・・。