アップデートが必要なものの調査３

タンパク質配列・構造解析
タンパク質のモチーフやドメインを知りたいとき

PDBj Mineを使ってタンパク質を検索する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ほとんど全く変わっていない。
アップデート不要

万見(Yorodumi)の使い方基本と連携統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
少し表現が変わっている程度。
アップデート不要。

eProtS(タンパク質構造百科事典)の使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ページの使用が多少変わっている程度。
アップデート不要。

分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ソフトは多少アップデートされているが基本的には変わっていない。
アップデート不要。

Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ページの仕様が若干変わっている。
しかし基本的な動作はあまり変わっていない。
動画が古いので作りなおしてもいいかも。
アップデート必要性低

http://togotv.dbcls.jp/movie/090721SNP2Protein_f.html
PDBのページが変わっている。
Jmolの仕様も変わっている。
アップデートが必要。

http://togotv.dbcls.jp/movie/090617PyMOL_f.html
PyMOLを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
PyMOLが有料化されてた。
放置

http://togotv.dbcls.jp/20090625.html#p01:titie
NCBIの仕様が変わっている。(related structure のあたり)
アップデート必要。

http://togotv.dbcls.jp/movie/090604interproscan_f.html
サイトのサーバーがパワーアップしたのだろう、検索結果の保存期間が７倍になっとる。
また、若干表記が変わっている。
この程度なので、アップデート不要。

signalPでタンパク質のシグナル配列を予測する統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
サーバーが3.0→4.0に。
アクセス出来なかったので保留

タンパク質の高次構造がしりたいとき
http://togotv.dbcls.jp/movie/090428MoM_f.html
仕様が少し変わっている。
AdditionalReadingの項目がない・・・？（なんか色々変わっている。
日本語訳は２００７年以降となっていたが２０００年から読めるようになっていた。
しかし内容的にアップデートはあまり必要ないかも。
アップデート必要性低

RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
アップデート不要。

CueMol2でタンパク質の立体構造を見る統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 CueMol2でタンパク質の立体構造を見る・2 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
ソフトが変わってないのでアップデート不要。

タンパク質の細胞内での局在を予測したいとき
Human Protein Atlas でタンパク質の発現状況を調べる 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
抗体の項目の位置が変わっていた。
アップデート不要。

タンパク質の機能解析をしたいとき
生体分子の熱力学・構造データベースProTherm&ProNITの使い方統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
アップデート不要。

TogoProtの使い方〜検索と連携〜統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
toll-like receptor の検索結果が細分化されてた。
「ゲノムブラウザ」の位置が変わっていた。
PyMOLは有料化されているので、PDBファイルから立体構造を見られる他のソフトにしたほうがよさそう。
少しやりづらいが、アップデートの必要性はあまりないか。
アップデート必要性低

相互機能するタンパク質を調べたいとき
STRINGの使い方基本編統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
 STRINGの使い方応用編統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
バージョンは8.3→9.0になっている。
特に大きな変化なし。
アップデート不要

タンパク質の構造予測を行いたいとき
http://togotv.dbcls.jp/movie/090903SOSUI_f.html
アップデート不要。

http://togotv.dbcls.jp/movie/090519COILS_f.html
"colis"で検索しても変なのが出てくる。
"colis server"だと出てきた。
アップデート不要。

Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
動画のふきだしがバグってた
アップデート不要。

これでタンパク質の項目は終了です！
あとはるおりんが途中までやっている発現制御の項目だけ。