EMBOSS

次の仕事はDBCLS GalaxyのなかのEMBOSSを作ること。
また、バグフィックスも兼ねているのでいろいろいじれとの司令。

今日はEMBOSSのツールにどういうものがあるのか、過去の動画を見て調査しました。

・merger
塩基配列２つをアラインメントし、スコアを返す。
ギャップ開始と伸長のペナルティを変更可能。

・dottup
dot plot法
ワードサイズとは、dotで表示するにあたり一致している長さの条件

・needle
The Needleman-Wunsch algorithmによるアラインメント
スペースが読めない。

・emma
galaxyにはなかった

・water
Smith-Waterman local alignment
大域的アラインメント。merger、needleよりもギャップが少ない。
スペースが読めない。

・wordmatch
完全一致部分を見つけるもの
スペースが読めない

・showalign
emmaがないので読めない

・restrict
・remap
制限酵素系はまだ入ってないみたい

・preg
正規表現が難しいのでパス（

・revseq
前やった。配列の逆・相補変換。

・backtranseq
どのコドンを使って逆翻訳してんの

・fuzznuc
特定の短い配列を打ち込んで検索

・getorf
ORFが全部出てきた

・plotorf
ORFマップが逆配列も含めて出てきた
初期値のストップコドンがTAAだけなのが良くわからないけど

・geecee
GC含量。ネーミングセンスが・・・。

・banana
B-DNAの曲がり具合。ネーミングセンスが・・・。

・sixpack
６フレームすべてアミノ酸配列に変換してORFも一緒に出してくれる

・cai/cai custom
コドンの適合度をみるやつ。
caiの方はどうなっているかしらない。フレームは１つだけかな？
usageをうまく選ばないと

・chaos
模様が出てきたけどよく分からなかった

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見つけたバグ
・リストの項目の×ボタンを押すとdelete failedと出るが、リフレッシュするとちゃんと消えている。
・TogoWS Searchが普通にエラーになる